Это проблема настройки клиентов ftp которыми пользуетесь, вот необходимые действия по устранению проблемы для популярных клиентов:

Total Commander:
1. net - ftp show hidden files
2. в файле wcx_ftp.ini в разделе [General] вписать FtpShowHidden=1 и перезагрузить Total Commander.

Far:
[x] Расширенный список:
LIST -la

Far Navigator:
Custom List command
LIST -la

Cute FTP:
Filter Setting Page
Server side filtering
remote filter: -la